在遺傳工程、藥品及病理檢驗、生物分子學、國防科研等方面常常需要在無菌無塵的環境中進行操作，一方面要求時間不受其他微生物污染，另一方面有要求所研究的材料，如腫瘤病毒、高危險度病原菌、放射性物質等不致外溢，危害操作者的健康和污染環境。這類潔凈室，分為四級，每一級對應不同的潔凈度。一級：對人體、動植物或環境危害較低，不具有對健康成人、動植物致病的致病因子，潔凈度不作要求，但要做自然通風或機械通風；二級：對人體、動植物或環境危害具有中等程度或具有潛在危險的致病因子，對健康成人、動植物不會造成嚴重危害，潔凈度為：8-9級（100 000~1000 000級）；三級：對人體、動植物或環境具有高度危險性，主要通過氣溶膠使人傳染上嚴重的甚至是致命疾病，或對動植物和環境具有高危險的致病因子，潔凈度為：7-8級（10 000~100 000級）；四級：對人體、動植物或環境具有高危險性，通過氣溶膠途徑傳播或傳播途徑不明，或未知的、危險的致病因子，潔凈度為：7-8級（10 000~100 000級）； 這類潔凈室常年保持負壓，氣密性要求比一般潔凈室高，施工難度大，安全度要求高，像一些基因重組、疫苗制備等等就是生物潔凈室，大概可分為一般生物潔凈室；生物安全潔凈室。氣流形式主要有非單向流和混合流，也可以根據客戶的要求做單向流（一般是比較重要的生物潔凈室） 
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